Ο συντονισµός του προγράµµατος παθητικής και ενεργητικής δειγµατοληψίας γίνεται από την Γενική ∆/νση Κτηνιατρικής του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίµων, η οποία καθορίζει τον χρόνο ρίψης και τις περιοχές ρίψης των εµβολίων (περιφερειακές ενότητες που αφορά η δράση) καθώς και τον αριθµό των απαιτούµενων δειγµάτων κόκκινων αλεπούδων που πρέπει να συλλεχτούν ανά περιφερειακή ενότητα για την αξιολόγηση του προγράµµατος των εµβολιασµών.

Σε περιφερειακό επίπεδο ο τοπικός συντονισµός των δράσεων του προγράµµατος αξιολόγησης των εµβολιασµών γίνεται από τις ∆/νσεις Αγροτικής Οικονοµίας και Κτηνιατρικής .
Οι ∆ασικές Υπηρεσίες των Αποκεντρωµένων ∆ιοικήσεων συγκροτούν σύµφωνα µε τις κείµενες διατάξεις του ∆ασικού Κώδικα ένα ή περισσότερα συνεργεία δίωξης για την υλοποίηση του σχεδιασµού και τη συλλογή των απαραίτητων δειγµάτων, σε συνεργασία µε τις οικείες ∆/νσεις Αγροτικής Οικονοµίας και Κτηνιατρικής και τις οικείες Κυνηγετικές οργανώσεις και καθορίζουν σε συνεργασία µε αυτές, το χρόνο και το πρόγραµµα λειτουργίας των συνεργείων, τον αριθµό των απαιτούµενων συνεργείων και τη σύνθεση τους, τον τρόπο και το χρόνο λειτουργίας, τα µέσα που θα χρησιµοποιηθούν και τον τρόπο υποστήριξης των δειγµατοληψιών.

Μετά το πέρας των ερευνητικών εργασιών, η ∆/νση Υγείας των Ζώων του ΥΠΑΑΤ παρακαλείται να αποστείλει ένα πλήρες αντίγραφο µε τα αποτελέσµατα των δειγµατοληψιών που πραγµατοποιήθηκαν την
εµβολιακή περίοδο, για το αρχείο της Υπηρεσίας µας.

Οι ∆ασικές Υπηρεσίες των Αποκεντρωµένων ∆ιοικήσεων δύνανται να καθορίσουν εφόσον ειδικοί λόγοι το απαιτήσουν, τυχόν συµπληρωµατικούς όρους, για την διευκόλυνση της έρευνας και την αποφυγή ενδεχόµενης αρνητικής επίπτωσης στα οικοσυστήµατα των περιοχών αρµοδιότητάς του.